MatsuuraKentaro / Rstanbook
『StanとRでベイズ統計モデリング』のサポートページです.
Stars: ✭ 152
Programming Languages
r
7636 projects
Labels
Projects that are alternatives of or similar to Rstanbook
Tidybayes
Bayesian analysis + tidy data + geoms (R package)
Stars: ✭ 557 (+266.45%)
Mutual labels: stan
Epinow2
Estimate Realtime Case Counts and Time-varying Epidemiological Parameters
Stars: ✭ 36 (-76.32%)
Mutual labels: stan
Ggmcmc
Graphical tools for analyzing Markov Chain Monte Carlo simulations from Bayesian inference
Stars: ✭ 95 (-37.5%)
Mutual labels: stan
Covid19model
Code for modelling estimated deaths and cases for COVID19.
Stars: ✭ 913 (+500.66%)
Mutual labels: stan
Bayes Vis Paper
'Visualization in Bayesian workflow' by Gabry, Simpson, Vehtari, Betancourt, and Gelman. (JRSS discussion paper and code)
Stars: ✭ 47 (-69.08%)
Mutual labels: stan
Modelselection
Tutorial on model assessment, model selection and inference after model selection
Stars: ✭ 139 (-8.55%)
Mutual labels: stan
Cmdstan.jl
CmdStan.jl v6 provides an alternative, older Julia wrapper to Stan's `cmdstan` executable.
Stars: ✭ 30 (-80.26%)
Mutual labels: stan
Turn Client
STUN & TURN client demo and api with python and C
Stars: ✭ 82 (-46.05%)
Mutual labels: stan
Gpmicrobiome
A novel probabilistic approach to explicitly model overdispersion and sampling zeros in 16S rRNA sequencing data by considering the temporal correlation between nearby time points using Gaussian Processes
Stars: ✭ 5 (-96.71%)
Mutual labels: stan
Matlabstan
Matlab interface to Stan, a package for Bayesian inference
Stars: ✭ 59 (-61.18%)
Mutual labels: stan
Loo
loo R package for approximate leave-one-out cross-validation (LOO-CV) and Pareto smoothed importance sampling (PSIS)
Stars: ✭ 106 (-30.26%)
Mutual labels: stan
Math
The Stan Math Library is a C++ template library for automatic differentiation of any order using forward, reverse, and mixed modes. It includes a range of built-in functions for probabilistic modeling, linear algebra, and equation solving.
Stars: ✭ 494 (+225%)
Mutual labels: stan
Ssmodels In Stan
State space models (dynamic linear models, hidden Markov models) implemented in Stan.
Stars: ✭ 42 (-72.37%)
Mutual labels: stan
Miscellaneous R Code
Code that might be useful to others for learning/demonstration purposes, specifically along the lines of modeling and various algorithms. Now almost entirely superseded by the models-by-example repo.
Stars: ✭ 146 (-3.95%)
Mutual labels: stan
StanとRでベイズ統計モデリング サポートページ
概要
このリポジトリではデータファイル, Stanコード, 実行するRコード, 図を描くRコード, 画像ファイルを公開しています.
本書では基本的に以下の3つの番号を一致させています.
- モデル式X-Y
- Stanコード(
modelX-Y.stan
) - 実行するRコード(
run-modelX-Y.R
)
この他に, 図を描くコードfigX-Y.R
があります. また各章のディレクトリの構成は以下になっています.
-
input
:データが格納されています. -
model
:モデルファイル(Stanコード)が格納されています. -
output
:作成した図が含まれています. -
exercise
:練習問題の解答例です.
実行方法
各章のディレクトリに移動してから実行することを想定しています. 例えば4章のrun-model4-5.R
を実行する場合にはRを起動後に以下のようにします.
setwd('RStanBook/chap04/')
source('run-model4-5.R')
練習問題の解答例を実行するには, さらにexercise
ディレクトリに移動してから実行することを想定しています.
setwd('RStanBook/chap04/exercise/')
source('ex1.R')
StanやRStanのバージョンアップに伴う補足
正誤表
ソースコードの実行環境
ソフトやパッケージ名 | 執筆時点 | サポートページ内の現状 |
---|---|---|
OS | Windows 7 SP1 (64bit) | Windows 7 SP1 (64bit) |
R | 3.3.1 | 3.5.1 |
Rtools | Rtools34 | Rtools35 |
Stan | 2.11 | 2.18 |
rstan | 2.11.1 | 2.18.1 |
ggplot | 2.1.0 | 3.1.0 |
ggmcmc | 1.1 | 1.1 |
GGally | 1.1.0 | 1.4.0 |
ellipse | 0.3.8 | 0.4.1 |
hexbin | 1.27.1 | 1.27.2 |
ggtern | 2.1.1 | 3.0.0 |
mvtnorm | 1.0.5 | 1.0.8 |
bda | 5.1.6 | 10.1.9 |
gtools | 3.5.0 | 3.8.1 |
Nippon | 0.6.3.1 | 0.7.1 |
ggrepel | 0.5 | 0.8.0 |
Note that the project description data, including the texts, logos, images, and/or trademarks,
for each open source project belongs to its rightful owner.
If you wish to add or remove any projects, please contact us at [email protected].